瑞穗温泉区、红叶温泉区与安通温泉区是花莲地区早期的三大温泉区，其中瑞穗温泉区与红叶温泉区都必需由瑞穗乡进出，因此外地人常误以为这两处温泉都属於瑞穗乡。但从行政区域划分上来看，这两处温泉其实分属瑞穗乡与万荣乡。较接近瑞穗市区的瑞穗温泉又名「外温泉」，较靠近山区的红叶温泉则被称做「内温泉」。


瑞穗温泉早在民国8年就已被日本人开发，当时的名称叫做「滴翠阁」，是一处附设「公共澡堂」的日式旅馆。传统日式造型的木造建筑，四周林木茂盛，环境清幽，是当年数一数二的高级度假旅馆。瑞穗温泉的泉温约48度，泉质属於弱硷性的「氯化物碳酸盐泉」，而且泉水中富含铁、钡等矿物质，这些泉水中的铁质遇到空气氧化後，会在水面形成一层略带铁锈味的黄浊色结晶物，称为「汤花」或「温泉花」。许多初次看到这种泉水的游客们，会误以为是泉水不乾净，其实这种泉水对於皮肤病或关节炎均具疗效。而且据医学研究，常泡这种弱硷性温泉的夫妻，生男孩的机会很高，因此瑞穗温泉又有「生男之泉」的美名。


红叶温泉的泉温约60~70度，泉质为弱硷性的「碳酸氢钠泉」，水质清澈无味，可饮可浴。红叶温泉同样也在日治时期就已声名远播，日本人在此设有警察疗养所，光复後改为私人经营的红叶温泉旅社。时至今日，旅社的外观仍维持着传统的日式风格，连房间都还是铺着榻榻米的日式通铺，整个旅社洋溢着浓浓的怀旧风情。蓝天绿树配着红色的屋檐，让人彷佛踏入时光隧道回到古早的年代。


几年前，瑞穗居民在离瑞穗温泉不远处试着开挖温泉，没想到竟然成功挖出与瑞穗温泉同样泉质的温泉，於是在瑞穗乡内兴建了一座「瑞雄温泉山庄」。不多久，瑞雄温泉山庄的对面也有人凿井开挖，结果竟涌出了跟红叶温泉相同泉质的温泉。这两口温泉井的成功让瑞穗乡兴起了一片温泉热，因此目前在瑞穗乡内，陆续开张了好几间温泉民宿、旅馆，吸引了更多的游客前来此地泡汤。